El primer diseño corresponde a un escudo del colegio encontrado en un prospecto del año 1966 consta de 7 estrellas que simbolizan el número de promociones; la lámpara símbolo de sabiduría y luz; el libro, los pergaminos y el tintero son símbolo de cultura y conocimiento; está enmarcado por dos ramas de laurel entrelazadas que significan el valor y la perseverancia. Posteriormente tomó la forma actual, conservado las estrellas, la lámpara, un libro y los laureles.

El 19 de noviembre de 1986 el Rector Diógenes Burgos López, mediante acto administrativo hizo las siguientes modificaciones: Desaparecen las estrellas y las ramas de laurel que fueron remplazadas por el eslogan << Ciencia y Progreso>>

Según Decreto 0605 del 16 de Diciembre de 2002 se cambia el término Colegio por Institución Educativa  Pío XII, razón por la cual se hace el mismo cambio en el escudo quedando como se hace en el nuevo nombre.

EL HIMNO  

Letra: Primitivo Enríquez
Música: Rodrigo Meneses

Coro:
¡OH! Glorioso Colegio Pío XII
de Mocoa mi querido plantel,
este himno a ti te cantamos
porque tu eres mi bello vergel.

El colegio es virtud y nobleza
es orgullo de nuestra región,
Putumayo dichoso te sientes
a ti canto con el corazón.

Al Colegio entonemos un himno
todos llenos de amor y virtud
son tus aulas la luz y la fuerza
¡viva!, ¡viva! nuestra juventud.

(Cada dos estrofas, coro)

Hoy tu nombre glorioso resuena
en mi mente tu siempre estarás,
estudiantes seguid adelante
nunca pienses mirar hacia atrás.

Adelante llevad la bandera
juventudes con fuerza y vigor,
culminad con alegre alborozo
los estudios que es honra y honor.

Con antorcha flameante fulgura
con destellos de luz por doquier,
es la llama que irradia cultura
y por siempre así lo ha de ser.

A través de tu tiempo y tu historia
quiero un himno glorioso entonar
de baluartes que hicieron memoria
sus recuerdos por siempre grabar.

En tu bosque de verde arboleda
fresca brisa se siente llegar,
como sabia que llega y se queda
incitando a la mente a estudiar.

Coronad con orgullo y nobleza
los estudios en este plantel,
de esta tierra tu eres lo grandeen el campo de ciencia y saber